L'identification des chênes s’est déroulée de janvier à fin février 2021, afin qu’ils puissent être récoltés d’ici à la mi-mars, avant la montée en sève, puis débardés et sciés. Le 8 mars, huit chênes ont été récoltés en forêt domaniale des Bertranges. 

Avant de pouvoir couper ces arbres exceptionnels, choisis principalement pour leur rectitude, il convient de les préparer afin de faciliter la direction de l'abattage. Cette opération, l'égobelage, consiste à enlever les contreforts du chêne afin que l'arbre soit le plus rond possible, pour mieux diriger l’arbre pendant l’abattage.

Dans un second temps, un élagueur va grimper au sommet du chêne afin de couper le houppier. On parle d'éhoupage. Cela permet d'éviter que l'arbre ne s'abîme au moment de la chute, dernière étape de ce chantier historique.

Enfin, les huit chênes coupés seront entreposés entre 12 et 18 mois afin de sécher, et atteindre un taux d’humidité de moins de 30%, avant d’être mis à la disposition des charpentiers. Ce délai de séchage est essentiel pour garantir la durabilité au futur édifice et éviter toute déformation postérieure de la charpente.

Les 1 000 chênes identifiés sont à 50% issus de la forêt privée et à 50% de la forêt publique avec une contribution à parts égales des forêts domaniales et forêts communales.

Ces 1 000 chênes sont destinés à la restauration de la flèche de Viollet-le-Duc. Dans un second temps, d'autres chênes viendront alimenter le chantier du reste de la charpente.

En Bourgogne Franche-Comté, 35 chênes ont été sélectionnés en forêt domaniale, et 87 en forêt communale.